Son œuvre révolutionna le jeu vidéo dans tous ses domaines, avec des jeux comme Super Mario Bros. (jeu le plus vendu de tous les temps), et Super Mario 64 considéré par certains spécialistes comme le plus grand jeu de plate-forme actuellement, la série des Mario Kart avec un gameplay exemplaire, sans oublier l'une des sagas les plus populaire du jeu vidéo, The Legend of Zelda ainsi que sa grande implication dans le développement de Goldeneye, FPS culte de la N64, qui est l'un des FPS les plus vendus au monde. Dans le domaine du jeu en lui-même, il apporta la création de personnages et d'une histoire, voire un véritable scénario (A Link to the Past), mais aussi la vue de dessus, ou scrolling vertical. Dans le même esprit, il fut le premier à apporter au joueur un monde dans lequel le héros évolue (toujours dans la série Zelda), et fut à l'origine du concept de gameplay. On peut noter aussi que dans Donkey Kong, le joueur peut anticiper les mouvements, ce qui était une nouveauté.
Non content de s'attribuer les plus gros succès vidéoludiques de la firme, Miyamoto s'implique dans la conception des consoles avec le dessin des manettes de Nintendo 64, GameCube et la conception de la Super Nes. Parmi les avancées où il joua un rôle important ou fut l'initiateur côté matériel, diverses innovations : création de la croix directionnelle, cartouche et sauvegarde, boutons sous les index (L et R), joystick console, gâchette, vibration.
Avec Hiroshi Yamauchi, il incarne la conception Nintendo des consoles : « On ne crée pas les produits en fonction de la console, mais la console en fonction des produits. »
Le lundi 13 mars 2006, il a reçu l'insigne de Chevalier dans l'ordre des arts et des lettres des mains du Ministre français de la Culture et de la Communication Renaud Donnedieu de Vabres avec, entre autre, ces mots:
« C'est à cette formidable inventivité dans la confrontation entre la création artistique et les nouvelles technologies, c'est à l'ingéniosité de l'artiste dans la conception d'univers numériques originaux, que je souhaite particulièrement rendre hommage aujourd'hui. Vous êtes l'un des meilleurs ambassadeurs de cet univers planétaire et l'une de ses personnalités les plus attachantes. » -- Renaud Donnedieu de Vabres [1]
Miyamoto s'adonne désormais aux joies de la liberté de mouvement grâce à la nouvelle console Nintendo Wii et sa manette. Il a par exemple participé à la réalisation de The Legend of Zelda : Twilight Princess sorti le 8 Décembre 2006, et prépare actuellement Super Mario Galaxy qui devrait sortir courant 2007.